江戸幕府はまず、慶長17年3月21日（1612年4月21日）に江戸・京都・駿府を始めとする直轄地に対して教会の破壊と布教の禁止を命じたキリスト教禁止令を布告します。これ自体はあくまで幕府直轄地に対するものでしたが、諸大名も幕府に追従して、同様の施策を行いました。教会の破壊と布教の禁止に加えて、家臣団の中にいるキリスト教徒の捜査が行われ、該当した者は場合によって改易処分に付されるなど厳しい処置が取られます。特に旗本だった原胤信は、出奔後も信仰を続けたために家康の怒りを買い、最期は処刑されました。これにより、キリシタン大名は完全に姿を消しました。

次に、慶長18年（1613年）12月23日、バテレン追放令を公布します。これに伴い、長崎と京都にあった教会は破壊され、翌1614年11月（慶長19年9月）には修道会士や主だったキリスト教徒がマカオやマニラに国外追放されました。その中には著名な日本人の信徒で、元大名でもあった高山右近がいました。

こうして、公的にはキリスト教は禁止になりましたが、幕府は信徒の処刑といった徹底的な対策は行わなかったため、依然としてキリスト教の活動は続き、密かに日本へ潜入する宣教師達も後を絶ちませんでした。幕府が徹底的な対策を取れなかったのは、通説では宣教師が南蛮貿易（特にポルトガル）に深く関与していて、貿易の利益を損ないたくなかったためと思われます。