藤原式家の藤原種継（長岡京造営の責任者。造営中に暗殺される）の娘。薬子の幼少の長女が平城天皇（当時はまだ皇太子）に嫁ぐことが決まると、幼い娘の面倒をみるために薬子も平城天皇の元に近侍。結果、なぜか平城天皇と男女の仲になる。この話を聞いた平城天皇のパパ桓武天皇は激怒。薬子を追放しましたが、平城天皇は父の死後に自分が天皇になると、しれっと薬子を呼び戻しました。

その後、薬子と薬子の兄である藤原仲成の二人の専横が激しくなりました。平城天皇は生来病弱だったのですが、天皇即位後もハードな職務に耐えきれなかったのか、病に伏したため退位して、平城京に引っ込むと薬子もそれについていきます。