出羽国（東北地方日本海側）に勢力を誇り、「俘囚の長」を辞任していた一族。前九年合戦で、源頼義と協力して安倍氏を討伐します。前九年合戦後には、朝廷から鎮守府将軍に任命され東北地方全域に威勢を誇りました。清原氏の後継者問題をきっかけに勃発した後三年合戦にて、清原本家のトップに後妻の連れ子だった清原清衡が就任。その後、彼は実父の姓である藤原を名乗るようになり、清原本家はこれにて滅亡、清原清衡あらため藤原清衡は奥州藤原氏の初代となりました。