朱印船（しゅいんせん）は朱印状（徳川将軍の朱印の押した渡航許可状）を外交・携えて貿易を行った船のことを指します。関ヶ原の戦いに勝利し、江戸幕府を開府した徳川家康は海外交易にも熱心で、1601年以降、安南（ベトナム）、スペイン領マニラ、カンボジア、シャム（タイ）などの東南アジア諸国に使者を派遣して外交関係を樹立し、1604年に朱印船制度を実施しました。これ以後、1635年まで350隻以上の日本船が朱印状を得て海外に渡航します。朱印船は必ず長崎から出航し、帰港するのも長崎でした。なお、明は日本船の来航を禁止していたので、（ポルトガル居留地マカオを除けば）朱印船渡航先とはならず、また、朝鮮との交易も対馬藩に一任されていましたので、朱印状は発行されませんでした。