大学別曹（だいがくべっそう）は、大学寮の学生の寄宿舎・付属教育機関のようなものとして有力氏族が設置したもの。運営は別曹を設置した各氏族に属して、大学寮の統制下にはありませんでした。

逆に大学直曹（だいがくじきそう）は、文章院（もんじょういん）と呼ばれ、大学寮で学ぶ学生が寄宿し、学んでいました。やがて文章博士を世襲していく菅原氏の影響力が直曹に強まると、これに反発した有力氏族たちが別曹を設けていったというわけです。学問の自由なんてものはまあ昔には特になく、学閥・派閥のノリは昔からあるというわけです。